Sonic, Knuckles və Tails yeni güclü düşmənə - əvvəllər heç rastlaşmadıqları unikal güclərə sahib olan sirli düşmən, Shadow Kirpisinə qarşı birləşirlər. Onun bir çox cəhətdən üstün olan bacarıqlarına qarşı, Sonic komandası Shadow-u dayandırmaq və planeti qorumaq ümidi ilə gözlənilməz ittifaq qurmağa məcbur olur.
